epigenetics

М.А. Абдурашитов, А.Г. Акишев, С.Х. Дегтярев1 1 ООО «СибЭнзайм», Новосибирск автор для переписки: Абдурашитов М.А., ООО СибЭнзайм, ул. Тимакова, д. 2/12, Новосибирск, 630117, Россия; тел.: +7(383)333-4991; факс: +7(383)333-6853; E-mail: abd@sibenzyme.ru Резюме 5-метилцитозин-зависимая ДНК-эндонуклеаза GlaI специфически узнаёт и расщепляет метилированные сайты ДНК с последовательностью 5′-R(5mC)GY-3′ / 3′-YG(5mC)R-5′, которые формируются de novo в геноме человека под действием ДНК-метилтрансфераз DNMT3. Благодаря этой специфичности фермент GlaI может эффективно использоваться для определения статуса метилирования сайтов RCGY в геномах человека и млекопитающих. Геномное картирование сайтов R(5mC)GY осуществляется методом высокопроизводительного секвенирования (NGS) гидролизатов ДНК, полученных с использованием GlaI, тогда как анализ отдельных фрагментов ДНК может быть выполнен с помощью GlaI-ПЦР анализа. В данной работе проведено сравнение результатов NGS анализа GlaI-гидролизатов ДНК и данных GlaI-ПЦР анализа регуляторных областей генов-онкосупрессоров в ДНК клеточных линий человека L68 (нормальные фибробласты лёгких), Raji (лимфома Беркитта) и U937 (гистиоцитарная лимфома). Показано, что в ДНК клеток L68 большинство исследованных регуляторных участков неметилированы, тогда как в злокачественных клеточных линиях Raji и U937 наблюдается выраженное гиперметилирование. Для подавляющего большинства исследованных фрагментов статус метилирования, определённый методом GlaI-ПЦР анализа, полностью коррелировал с количеством сайтов R(5mC)GY, выявленных методом NGS. Единственное расхождение было обнаружено для регуляторного участка гена RASSF1A в ДНК клеток L68 и объяснено наличием аллель-специфического метилирования, подтверждённого дополнительным GlaI-ПЦР анализом в режиме реального времени. С учётом аллельного метилирования получено полное соответствие между данными NGS и GlaI-ПЦР анализа. Таким образом, методы NGS анализа GlaI-гидролизатов ДНК и GlaI-ПЦР анализа являются взаимодополняющими и позволяют надёжно выявлять аномально метилированные участки генома в нормальных и опухолевых клетках, что делает их перспективными инструментами для эпигенетических исследований и ДНК-диагностики. Ключевые слова: 5-метилцитозин; метилирование ДНК; метилзависимые эндонуклеазы рестрикции; GlaI; NGS-анализ; GlaI-ПЦР анализ; эпигенетическая ДНК-диагностика; аллель-специфическое метилирование. DOI: 10.26213/3034-4298.2025.6.1.001 Данные для цитирования: М.А. Абдурашитов, А.Г. Акишев, С.Х. Дегтярев (2025) Определение статуса метилирования сайтов RCGY в геноме человека: сравнение результатов NGS GlaI-гидролизатов и данных GlaI-ПЦР анализа, Эпигенетическая ДНК диагностика, том 2025(1), DOI: 10.26213/3034-4298.2025.6.1.001 Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International Список использованных сокращений 5mC — 5-метилцитозин; BS-seq — бисульфитное секвенирование (bisulfite sequencing); BSA…